Corsi di Laurea Corsi di Laurea Magistrale Corsi di Laurea Magistrale
a Ciclo Unico
Scuola di Ingegneria
INGEGNERIA INFORMATICA
Insegnamento
ALGORITMI PER LA BIOINFORMATICA
INN1027815, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2016/17

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
INGEGNERIA INFORMATICA
IN0521, ordinamento 2009/10, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 6.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese ALGORITHMS FOR BIOINFORMATICS
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione (DEI)
Sito E-Learning https://elearning.dei.unipd.it/course/view.php?idnumber=2017-IN0521-000ZZ-2016-INN1027815-N0
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile MATTEO COMIN ING-INF/05

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
CARATTERIZZANTE Ingegneria informatica ING-INF/05 6.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso II Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
LEZIONE 6.0 48 102.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 26/02/2018
Fine attività didattiche 01/06/2018

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
8 A.A. 2017/2018 01/10/2017 15/03/2019 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
DI CAMILLO BARBARA (Supplente)
FANTOZZI CARLO (Supplente)
VANDIN FABIO (Supplente)
7 A.A. 2016/2017 01/10/2016 15/03/2018 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
FERRARI CARLO (Supplente)
VANDIN FABIO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti:
Conoscenze e abilita' da acquisire: Imparare a tradurre un problema biologico in un problema matematico basato su grafi, alberi e stringhe; conoscere i principali algoritmi per l’analisi di sequenze biologiche; acquisire familiarita' con i metodi randomizzati che ricercano soluzioni approssimate per problemi intrattabili; imparare a presentare i risultati di un progetto e a lavorare in gruppo.
Modalita' di esame: Lo studente dovra' sostenere :
- un esame scritto
- un progetto che si compone di una tesina scritta e di una presentazione orale
Criteri di valutazione: Valutazione del grado di apprendimento degli argomenti trattati attraverso l'esame scritto.

Valutazione della capacita' di saper svolgere un'analisi critica della letteratura su uno specifico argomento (per i progetti di approfondimento bibliografico), capacita' di realizzare un software per una specifica analisi bioinformatica (per i progetti implementativi), capacita' di svolgere un'analisi critica dei risultati (per progetti sperimentali).

Capacita' di presentare i risultati del progetto in forma scritta e con presentazione orale.
Contenuti: Introduzione alla bioinformatica.

Algoritmi per la ricerca e scoperta di motivi funzionali e strutturali (segnali) in sequenze biologiche.

Tecniche di ricerca di segnali e caratterizzazione di sequenze sia basati sull'allineamento che alignment-free.

Algoritmi per la soluzione di problemi specifici in ambito di genome rearrangement, dna assembly, evoluzione delle specie, metagenomica.

Algoritmi e strutture dati per l'analisi combinatoriale in sequenze.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso viene erogato attraverso lezioni frontali. Inoltre vengono messi a disposizione degli studenti riferimenti bibliografici e lavori inerenti ai progetti che gli studenti dovranno sviluppare.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio:
Testi di riferimento:
  • Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A., An Introduction to bioinformatics algorithms;. Cambridge (Mass.): London, MIT press, 2004. Cerca nel catalogo